Cercetătorii descoperă aproape 2.000 de bacterii intestinale noi
Conform numeroaselor studii recente, populațiile bacteriene ale intestinului uman sunt capabile să influențeze diferite aspecte ale sănătății noastre fizice și mentale. În ciuda acestui fapt, multe bacterii rămân „nelegate” de oamenii de știință. Un nou studiu a descoperit acum aproximativ 2.000 de bacterii intestinale necunoscute anterior.
Studii recente acoperite de Știri medicale astăzi au arătat că microbiota intestinală ar putea avea un rol în boala Parkinson și în demență și pot explica de ce medicamentul pentru diabetul de tip 2 funcționează bine pentru unii, dar nu și pentru alții.
Noi cercetări - care apar ieri în jurnal Natură - a identificat acum aproape 2.000 de specii bacteriene intestinale noi pe care oamenii de știință nu le-au cultivat niciodată într-un laborator înainte.
Echipa de anchetatori, de la Institutul European de Bioinformatică (EMBL-EBI) și Institutul Wellcome Sanger, ambele din Hinxton, Marea Britanie, au folosit analize computaționale pentru a evalua probe de microbiomi intestinali de la participanți din întreaga lume.
„Metodele computaționale ne permit să înțelegem bacteriile pe care nu le putem cultiva încă în laborator”, explică autorul studiului Rob Finn, de la EMBL-EMI.
„Folosirea metagenomicii [analiza materialului genetic] pentru reconstituirea genomului bacterian este un pic ca reconstituirea a sute de puzzle-uri după amestecarea tuturor pieselor împreună, fără a ști cum ar trebui să arate imaginea finală și după ce ați eliminat complet câteva piese din amestecați doar pentru a face ceva mai greu ”, continuă el.
Cu toate acestea, Finn continuă să observe: „Cercetătorii se află acum într-un stadiu în care pot folosi o serie de instrumente de calcul pentru a completa și, uneori, a ghida munca de laborator, pentru a descoperi noi perspective asupra intestinului uman”.
O nouă abordare
Echipa a reușit să reconstruiască 92.143 de genomi din probe din 11.850 de microbiote intestinale diverse.
Acest lucru le-a permis cercetătorilor să identifice 1.952 de specii de bacterii intestinale despre care ei și alții nu știau până în acest moment.
Finn și colegii explică faptul că multe specii bacteriene „și-au menținut un profil scăzut”, ca să spunem așa, deoarece oamenii de știință le-au găsit în număr foarte mic în intestin, sau nu pot supraviețui în afara mediului intestinal.
Acest lucru, observă ei, a împiedicat până acum oamenii de știință să adauge astfel de specii pe lista lor de bacterii intestinale despre care cunosc. Acest motiv este, de asemenea, de ce echipa care a condus studiul actual a decis să ia un nou traseu - și să utilizeze o combinație de metode de calcul pentru a încerca să vină cu o „hartă” mai cuprinzătoare a microbiotei umane.
„Metodele computaționale ne permit să ne facem o idee despre numeroasele specii bacteriene care trăiesc în intestinul uman, cum au evoluat și ce fel de roluri pot juca în comunitatea lor microbiană”, spune co-autorul studiului, Alexandre Almeida.
Către crearea „unui plan solid”
„În acest studiu”, explică Almeida, „am folosit cele mai cuprinzătoare baze de date publice ale bacteriilor gastrointestinale pentru a identifica speciile bacteriene care nu au fost văzute până acum. Metodele de analiză pe care le-am folosit sunt foarte reproductibile și pot fi aplicate unor seturi de date mai mari și mai diverse în viitor, permițând descoperiri suplimentare. ”
În viitor, cercetătorii speră că acest studiu și studii similare vor ajuta în continuare la înțelegerea intestinului uman, care, la rândul său, va contribui la dezvoltarea unor tratamente mai bune pentru o varietate de condiții.
„Cercetări de acest gen ne ajută să creăm așa-numitul plan al intestinului uman, care, în viitor, ne-ar putea ajuta să înțelegem mai bine sănătatea și bolile umane și ar putea chiar să ghideze diagnosticul și tratamentul bolilor gastro-intestinale.”
Co-autor al studiului, Trevor Lawley, de la Wellcome Sanger Institute
În același timp, echipa constată că studiul de față i-a făcut pe cercetători să fie mai conștienți de un decalaj mare în cercetarea în jurul bacteriilor intestinale.
În prezent, oamenii de știință știu relativ puține despre speciile bacteriene care sunt caracteristice altor populații decât cele care locuiesc în Europa și America de Nord, subliniază anchetatorii.
„Vedem că o mulțime de aceleași specii bacteriene apar în datele din populațiile europene și nord-americane. Cu toate acestea, puținele seturi de date din America de Sud și Africa la care am avut acces pentru acest studiu au dezvăluit o diversitate semnificativă care nu este prezentă în fostele populații ”, notează Finn.
„Acest lucru sugerează că colectarea datelor de la populații subreprezentate este esențială dacă dorim să obținem o imagine cu adevărat cuprinzătoare a compoziției intestinului uman”, adaugă el, îndemnând cercetătorii să se concentreze în continuare pe cohorte mai diverse, în viitor.
